Falimentul și renașterea (2016–prezent)

În sezonul 2015–2016, Rapid a câștigat Seria I a Ligii a II-a, însă situația financiară a clubului era critică. Lotul s-a destrămat, rămânând doar câțiva jucători și fără antrenori, iar odată cu declararea falimentului, FC Rapid nu a mai putut legitima fotbaliști pentru Liga I în sezonul 2016–2017. Astfel, clubul fondat în 1923 a fost desființat oficial.
În toamna aceluiași an, fostul director de marketing Horia Manoliu a înființat în Liga a V-a bucureșteană clubul AFC Rapid, care a preluat grupele de copii și juniori. Echipa, formată în mare parte din jucători născuți între 1998–2000, a câștigat campionatul în sezonul 2016–2017. Manoliu a susținut atunci că AFC Rapid este continuatoarea de drept a tradiției și palmaresului clubului desființat.
Un nou pas decisiv a venit în 2017, când, la inițiativa Primăriei Sectorului 1, s-a format AS Academia Rapid, înscrisă în Liga a IV-a pe locul echipei Mișcarea CFR. Proiectul a fost condus de foști mari jucători giuleșteni: Daniel Niculae (președinte), Daniel Pancu (director tehnic), Nae Stanciu (manager) și Constantin Schumacher (antrenor).
În 2018, Academia Rapid a câștigat licitația pentru brandul și culorile tradiționale, dobândind astfel numele și identitatea oficială FC Rapid București. Suporterii au susținut masiv această renaștere, iar echipa a început o serie de promovări succesive: din Liga a IV-a, în Liga a III-a, apoi în Liga a II-a.
Apogeul a venit în vara lui 2021, când Rapid a revenit în Liga I, după o absență de șase ani. Promovarea a fost obținută sub comanda antrenorului Mihai Iosif, iar Daniel Niculae s-a întors în club ca președinte, consolidând legătura dintre gloria trecutului și prezentul renăscut al Rapidului.